Un hallazgo escalofriante ha sido la relación entre un excesivo consumo de proteínas y ciertas enfermedades. Estudios previos han demostrado la potencialidad carcinógena de ciertos compuestos formados con proteínas y otras moléculas, y de sustancias derivadas de las proteínas. Un consumo elevado de proteínas tiende a aumentar el nivel de colesterol sanguíneo y la probabilidad de desarrollar problemas renales y cáncer.

Lo que cabe preguntar es si el excesivo consumo de proteínas de origen vegetal, tales como las procedentes de la soja, tiene efectos similares. Al comparar dietas con un 20% de caseína (proteína de la leche de vaca) y con un 20% de proteína de soja (ambos, niveles demasiado elevados), se vio que la dieta con caseína parecía tener mayor tendencia a provocar cáncer que la de soja. Por otro lado, la soja contiene sustancias inhibidoras de proteasas, que tienden a contrarrestar los efectos nocivos del abuso de proteínas. Las dietas ricas en proteínas también aumentan el riesgo de padecer una enfermedad como la osteoporosis. Veinte millones de norteamericanos, principalmente mujeres postmenopáusicas, tienen los huesos tan frágiles que se pueden romper con traumatismos mínimos.

Aunque siempre se culpa a una dieta pobre en calcio, estudios más elaborados han demostrado la relación entre el exceso de proteínas en la dieta y la fragilidad ósea. Incluso tomando diariamente leche, una fuente rica en calcio, el exceso de proteinas puede poner en peligro la salud ósea, ya que ocasiona una menor absorción de calcio en el tracto intestinal, razón por la cual el organismo recurre a sus reservas de calcio para mantener una calcemia (niveles sanguíneos de calcio) adecuados, es decir, a los huesos.

Los Chinos no consumen leche de vaca ni sus derivados y en cambio tienen uno de los índices de osteoporosis de los más bajos del mundo (las mujeres chinas mayores de 45 años tiene una densidad ósea significativamente mayor que sus homólogas estadounidenses). De la misma manera, los habitantes de EE.UU., con su dieta rica en proteínas y calcio, tienen un índice muy alto de osteoporosis.